Der Südrand des Harzes wird von Kalk-, Dolomit- und Gipsgesteinen aufgebaut, die im Perm (Zechsteinmeer) vor etwa 250 Millionen Jahren abgelagert wurden. Diese durch Gips geprägte Karstlandschaft zählt zu den herausragendsten Naturlandschaften Europas mit einer schutzwürdigen Fauna und Flora. Neben beeindruckenden Oberflächen-Karsterscheinungen kommen zahlreiche große Höhlen vor, von denen ein Teil als Schauhöhle ausgebaut ist. In Thüringen sind zahlreiche Höhlen und Karsterscheinungen im Zechsteinkalken und im Muschelkalk der Trias (240 Mio Jahre) bekannt. Ein weiteres wichtiges Karstgebiet befindet sich im Wesergebirge und Süntel in Jura - Kalksteinen des Malm. In der Umrandung des Münsterländer Kreidebeckens sind Kalksteine aus der oberen Kreidezeit (90 Mio Jahre) verbreitet und bilden vor allem auf der Paderborner Hochfläche ein ausgedehntes Karstgebiet. Die kleinflächigen Kalksteinvorkommen im Rheinischen Schiefergebirge bildeten sich im Devon und Karbon vor ca. 400 bis 320 Mio Jahren. Bedeutendste Karstgesteine sind der mitteldevonische Masselkalk als Riff- oder Lagunenablagerung eines ehemals flachen Meeres sowie Riffkalklinsen im Westsauerland und Bergischen Land. Vor allem im Sauerland (Ennepetal, Hagen, Iserlohn, Hemer, Balve, Warstein, Brilon, Attendorn) und im Westerwald existieren große Höhlensysteme. Im Westerwald sind die Massenkalk-Höhlen bei Erdbach-Breitscheid von Bedeutung. Auch in der Eifel sind zahlreiche Höhlen bekannt. Ausgedehnte Karstgebiete haben sich in Süddeutschland in den Muschelkalkgebieten der Schwäbisch-Fränkischen Gäuzone (Schichtstufenlandschaft) entwickelt,

die sich vom südlichen Schwarzwald nach Norden in Richtung des Thüringer Waldes erstreckt. Die Höhlen sind zum größten Teil bachdurchflossene Systeme. Ebenfalls im Muschelkalk sind die großen Höhlen im Markgräfler Land angelegt. In Franken gibt es vereinzelte Gipskarstgebiete im Keuper (Trias, 230 Mio Jahre). Die klassischen deutschen Höhlengebiete sind die Schwäbische und die Fränkische Alb, die durch das Nördlicher Ries getrennt werden. Die großflächig ausstreichenden Malmkalke aus der Jurazeit (160 - 140 Jahre), die in Franken zum Teil dolomitisiert sind, bilden die eindrucksvollste Karstlandschaft Deutschlands. Die vom Südschwarzwald bis zum Ries etwa Südwest-Nordost verlaufende Schwäbische Alb beherbergt eine schier unermeßliche Fülle an Karstphänomenen. Vor allem der gravierende Wassermangel auf der Albhochfläche und das Vorhandensein großer, oft Hochwasser führender Quellen in den Randtälern offenbart den besonderen Charakter dieser Landschaft. Mehrere wasserführende Großhöhlen sind bekannt und können meist nur von erfahrenen Höhlentauchern erkundet werden.Die Fränkische Alb bildet zunächst die östliche Fortsetzung der Schwäbischen Alb jenseits des Nördlinger Ries, weicht dann jedoch aufgrund der geologischen Lager-ungsverhältnisse nach Norden ab. Die weitläufige Kuppenlandschaft wird durch malerische Einschnitte wie dem Wiesent-, Pegnitz- oder Altmühltal zergliedert. Dabei entstanden bizarre Felstürme und -wände, die zu Namen wie Fränkische oder Hersbrucker Schweiz Anlaß gaben. Die Anzahl der Höhlen in der Fränkischen Alb ist ähnlich hoch wie in ihrem Schwäbischen Gegenstück. In den Bayrischen Alpen gibt es verkarstete Hochplateaus, in denen sich die tiefsten und einige der größten Höhlen Deutschlands befinden. Im Allgäu ist das Gottesackerplateau am Hohen Ifen mit seinen nördlichen Ausläufern ein 25 km2 großes unübersichtliches Karstgebiet in kreidezeitlichen Schrattenkalk (110 Mio Jahre), das sich von der deutschen bis auf die österreichische Seite erstreckt. Weiter östlich befinden sich größere Höhlen in Triaskalken oder -dolomiten (230 bis 200 Mio. Jahre) am Zugspitz- und Leutascher Platt im Wettersteingebirge sowie im Estergebirge. Das mit Abstand bedeutendste alpine Karstgebiet Deutschland erstreckt sich über mehrere Plateaus und Höhenzüge rund um Berchtesgaden. Die Dachsteinkalke aus der Trias bilden mehrere hundert Meter mächtige verkarstete und zergliederte Hochflächen.